A.C.196年，人们刚刚从战争的噩梦中解放出来，还未有充分享受和平的宁静，新的战乱又揭开了序幕。前OZ统帅特列斯·古列那达之女——玛莉美亚·古列那达，在“流星行动”的总策划者达坚·巴顿的支持下，绑架了莉莉娜，并于圣诞前夜宣布殖民卫星L3X18999独立，同时向地球圈统一国家宣战。高达的少年机师们，因为这迫不得已的战争的缘故，只好把载有4台高达的运输船回收，而这运输船的目的地本来是太阳，为了保卫自己心中的理想加入战斗。而五飞却怀着对特列斯的无限愧意，加入敌方……

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